1. Para fazer um teste MTR precisa baixar o aplicativo "WINMTR" clicando AQUI.
2. Após baixar o aplicativo basta colocar o IP da sua VPS em "host" e nos enviar uma print (deixe rodando por ao menos 2/3 minutos).
Observação: O firewall da VPS precisa estar desligado.
4. Pronto, vamos analisar o seu problema.